按照有关规定进行的土地转让是合法的。

　　一、所述的土地买卖应是土地使用权买卖。有审批权的人民政府的批准许可，转让后受让人依法对土地出让金的缴纳。

　　二、如案件中的土地使用权买卖是已经经有审批权的人民政府的批准许可，受让人依法对土地缴纳出让金，可适用物权的不动产善意取得制度，第三取得该土地使用权，理由如下：

　　1、乙方为国家一部门，其土地应为划拨方式取得。国土法第五十四条建设单位使用国有土地，应当以出让等有偿使用方式取得;但是，下列建设用地，经县级以上人民政府依法批准，可以以划拨方式取得：(一)国家机关用地和军事用地;

　　2、法律规定转让划拨土地使用权须经过法定机关批准，且缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。因此，甲是基于有与该国家部门的有效合同占有该土地，虽未办理登记手续，但该土地已不具有民法上限制流通物的法律属性，所以甲处分该土地时可适用民法上相关的法律规定。

　　3、所以甲与第三的人土地使用权买卖合同并没有违反法律强制性规定，土地已不具有民法上限制流通物，适用物权法上的不动产善意取得制度。

　　附部分相关法律依据：国土法第五十五条以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例第二十五条第二款土地使用权和地上建筑物、其他附着物所有权分割转让的，应当经市、县人民政府土地管理部门和房产管理部门批准

　　土地使用权可以依法进行买卖、转让，但土地所有权不得买卖。在农村土地承包经营权有效存在前提条件下，在不改变农村土地所有权权属性质和主体种类与农村土地农业用途的基础上，将该物权性质土地承包经营权或者从该物权性质土地承包经营权中分离出来的部分权能等具体民事权利转移给他人的行为。

　　“土地承包经营权流转”，指的就是在农村土地承包中的物权性质土地承包经营权有效存在前提条件下，在不改变农村土地所有权权属性质和主体种类与农村土地农业用途的基础上，原承包方依法将该物权性质土地承包经营权或者从该物权性质土地承包经营权中分离出来的部分权能等具体民事权利转移给他人的行为。